Одними из основных задач национального парка являются сохранение природных комплексов, уникальных, эталонных природных участков и объектов, а также восстановление нарушенных природных и историко-культурных объектов.
На территории национального парка установлен дифференцированный режим особой охраны с учетом природных, историко-культурных и иных особенностей, согласно которому выделены следующие зоны: заповедная, особо охраняемая, хозяйственного назначения, рекреационная, охраны объектов культурного наследия. Эти зоны несколько различаются по характеру и объему ограничений хозяйственной, рекреационной или другой деятельности, но во всех них допускаются ведение экологического мониторинга, научно-исследовательская деятельность, проведение природоохранных, биотехнических и противопожарных мероприятий, лесоустроительных и землеустроительных работ.
В рекреационной зоне, зоне охраны объектов культурного наследия и зоне хозяйственного назначения допускается также лесохозяйственная деятельность. В национальном парке это посев и посадка леса, уход за лесными культурами (агротехнический уход, осветление и прочистка), проведение санитарно-оздоровительных мероприятий (вырубка деревьев, погибших в результате пожаров, ветровалов, буреломов, уборка неликвидной древесины, рубка аварийных деревьев), функционирование питомника лесных культур, а также устройство минерализованных полос и строительство дорог противопожарного назначения. Эти работы проводятся сотрудниками участковых лесничеств парка: государственными инспекторами и лесниками.